Запись о ликвидации НК «ЮКОС» внесена в Единый государственный реестр юридических лиц (ЕГРЮЛ). Запись внесена инспекцией Федеральной налоговой службы N 46 на основании решения арбитражного суда Москвы от 12 ноября о завершении конкурсного производства НК.
В 2006 г. «ЮКОС» признан банкротом, почти все его имущество продано за долги. Доказанные судом претензии к компании составляют 709,2 млрд руб. В июне 2007 года Российское подразделение компании «PricewaterhouseCoopers» решило отозвать все свои аудиторские заключения по «ЮКОСу за период с 1995 по 2004 годы. Согласно официальным утверждениям, заключения отозваны в связи с сомнениями в подлинности сведений, которые предоставляло руководство нефтяной компании. До начала преследования компании по фактам уклонения от уплаты налогов «ЮКОС» являлся ведущей нефтяной компанией России по добыче и капитализации. Компания «ЮКОС» объединяла крупнейшее нефтедобывающее предприятие «Юганскнефтегаз», три нефтеперерабатывающих завода в Самарской области и предприятия сбыта нефтепродуктов в восьми регионах России. В 1995 году в состав ЮКОСа вошло объединение «Самаранефтегаз», новые сбытовые предприятия, ряд научно-исследовательских институтов. В конце 1997 года ЮКОС, заплатив свыше $1 млрд, стал владельцем контрольного пакета акций Восточной нефтяной компании, объединяющей 12 предприятий в центре Сибири. В 2000 году ЮКОС приобрел 68% акций Восточно-Сибирской нефтегазовой компании. В 2001 году ЮКОС стал владельцем Ангарской нефтехимической компании в Иркутской области. В апреле 2002 года ЮКОС приобрел 49% акций государственной словацкой трубопроводной компании Transpetrol – оператора магистральных нефтепроводов на территории Словакии. В 2002 году компанией была проведена сделка по приобретению пакета акций литовского концерна Mazeikiu Nafta, в который входят Мажейкяйский НПЗ, терминал Бутинге и Биржайский нефтепровод.